Trong khoa học máy tính, nghiên cứu Eppstein được tập trung chủ yếu ở hình học tính toán: cây bao trùm tối thiểu, đường đi ngắn nhất, cấu trúc dữ liệu đồ thị động, đồ thị màu, vẽ đồ thị và hình học tối ưu hóa. Ông đã xuất bản cũng trong lĩnh vực ứng dụng như lưới chia phần tử hữu hạn, được sử dụng trong thiết kế kỹ thuật, và trong tính toán thống kê, đặc biệt là ở thống kê mạnh, đa biến, số liệu thống kê không tham số.

Eppstein từng là chủ tịch chương trình cho việc theo dõi lý thuyết của ACM Symposium on Computational Geometry vào năm 2001, chủ tịch chương trình của Hội nghị ACM-SIAM trên Discrete thuật toán trong năm 2002, và các đồng chủ tịch cho Hội thảo quốc tế về vẽ đồ thị vào năm 2009.[4]